Le département de pharmacie du CSI est composé de 2 pharmaciens, une technicienne et un commis. Il offre les services pharmaceutiques à l’ensemble du territoire de la Baie d’Hudson. La pharmacie centrale est située à Puvirnituq et il ya des pharmacies satellites dans chacun des points de service. Le rôle du pharmacien en région éloignée demande une bonne capacité d’adaptation et beaucoup de débrouillardise. Le département est présentement restructuration afin d’élargir la gamme de services offerts pour les communautés. Il y a toujours un pharmacien de garde.